En 1947 les nuages de la guerre assombrissent le ciel. L’ONU s’apprête à prendre position sur la partition du pays et on envisage la possibilité que le Yshouv soit forcé de faire face à une attaque généralisée des pays arabes. David Ben Gourion prend en main les affaires de sécurité au nom de la direction sioniste. Au mois d’avril 1947, Dayan est affecté à temps plein à l’Etat major de la Haganah. Il est nommé commandant du département des affaires arabes. À ce poste il doit enrôler des agents qui devront s’infiltrer  au coeur du camp arabe afin de fournir à la Haganah des informations de première main et actualisées. A présent l’armée juive s’agrandit rapidement et se modifie en profondeur. Debut 1948, la Haganah comptera 30.000 engagés répartis en douze brigades regionales qui supporteront l’effort de guerre contre les palestiniens et les volontaires venus des pays arabes. Parmi les officiers de cette armée en formation on distingue trois groupes. Les vétérans de la Haganah qui acceptent sans sourciller le leadership de Ben Gourion ; les commandants du Palma’h liés au mouvements des kibboutz dirigé par Israel Galili, chef de l’Etat major national ; les vétérans de l’armée britannique qui apportent avec eux une expérience et un professionnalisme militaire important.

Dayan est un fidèle de Ben Gourion mais c’est un oiseau étrange et indépendant n’appartenant à aucun courant. Qui plus est il n’a jusqu’alors exercé aucune fonction de commandement. Il n’est pas directement impliqué dans le processus de transformation rapide de la Haganah en armée régulière. Dans ses nouvelles fonctions il conserve principalement un rôle de conseiller et non d’acteur.

Cependant il est considéré comme un officier supérieur. Le 1er janvier 1948 ainsi que le lendemain, Ben Gourion réunit les commandants de l’armée et des renseignements pour débattre de la ligne.a adopter à l’égard des palestiniens. Dayan est invité en tant que spécialiste du sujet. Il est admis au comité restreint qui incluent les chefs du renseignement et les responsables du département politique de l’Agence juive afin de coordonner la politique envers les arabes d’Israel.