Le 20 juin 1948, alors qu’il est en train de préparer son bataillon pour le combat, Dayan est appelé en toute hâte par le commandant de la brigade Its’ak Sadeh. Un navire est arrivé devant les plages du pays transportant des armes en environ 900 immigrants. Le navire a été affrété et armé par les hommes de l’Irgun qui l’ont rebaptisé Altalena, du nom de plume de Waldimir Zeev Jabotinsky, le fondateur du mouvement d’où a jailli l’Irgun dans les années 30. Le bateau mouille à côté d’une plage déserte non loin de kfar Vitkin et les militants de l’Irgoun commencent à décharger les armes sur la plage.ben Gourion et l’Etat major de Tsahal voient dans cette affaire une rupture brutale de l’accord selon lequel, l’Irgun devait être dissoute, transmettre son équipement et s’intégrer à Tsahal. De plus, Ben Gourion considère que les agissements de cette organisation constituent une mutinerie contre la souveraineté de l’Etat. Sadeh ordonne à Dayan de partir pour la plage et de récupérer les armes.

Dayan consigne à la base les soldats issus du le’hi qui étaient eux-mêmes d’anciens dissidents, et pour plus de sécurité il les désarme. Il fonce vers la zone accompagné d’une compagnie de fidèles de l’Emeq. De petites quantités d’armes sont déjà entassées sur la plage et les hommes de l’Irgun cernent la zone. et menacent tous ceux qui tenteraient d’approcher. Dayan leur lance un ultimatum auquel répondent des tirs. Deux de ses soldats sont tués et six autres blessés. En représailles, Dayan ordonne d’arroser la plage au mortier. Les militants de l’Irgun se rendent tandis que le navire reprend la mer en direction des pages de Tel-Aviv. Là s’engage un combat au bout duquel le navire prend feu et sombre. La manière avec laquelle, trente années plus tard, Dayan racontera cet épisode montre son état de tension par rapport à ce souvenir déplorable mais aussi sa loyauté inébranlable envers Ben Gourion : « Je n’étais pas un expert des relations complexes existantes entre l’Irgun et le gouvernement israélien mais je n’avais aucun doute sur mon obligation à obéir à l’ordre. Cet épisode n’était pas représentatif de la réalité : ce n’était ni le bon combat, ni le vrai ennemi. »