Son travail au département politique de l’Agence Juive en 1942 et sa participation à la « Saison » rapprochent Dayan des cercles du pouvoir politique du mouvement sioniste en général et du parti des travailleurs d’Israël en particulier. Certains de ses dirigeants ont déjà apprécié son habilité politique. C’est une période de fortes divisions au sein du parti ouvrier. Un groupe minoritaire dominé par des membres du mouvement des kibboutz que dirige Its’hak Tabenkin, a fait sécession et a fondé le parti de l’unité des travailleurs qui se distingue par un activisme sioniste et une opposition à la partition du pays.
Bien que le parti dissident soit moins important en nombre que l’ancien parti ouvrier dirigé par Ben Gourion, l’atmosphère radicale qui règne dans ses rangs, attire à lui de nombreux jeunes. La majorité des commandants du Palma’h, dont Its’hak Sadeh, Ygal Allon et Israel Galili avec lequel Dayan s’est affronté au milieu des années 30 à propos du mouvement de jeunesse, soutiennent le parti minoritaire. Ben Gourion s’efforce d’attirer à lui des militants de la jeune generation, en particulier des activistes de la Haganah pour faire contrepoids aux adhérents du parti dissident.
Dayan commence à militer dans la jeune garde du Mapaï. Le 20 novembre 1944 il participe pour la première fois à un congrès de son parti en tant que délégué et avec d’autres jeunes, il lutte contre la vieille garde pour la place des jeunes au sein de la direction du parti. C’est là qu’il rencontre pour la première fois Shimon Peres, alors acteur central au sein du mouvement de la jeunesse ouvrière. Dayan a 8 ans de plus que Peres mais malgré leur différence de caractère et de style, ces deux là coopéreront pendant de nombreuses années.
A l’hiver 1946, Dayan et Peres sont envoyés à Bâle en Suisse, là où Benjamin Zeev Herzl avait fondé le mouvement sioniste 50 ans plus tôt. Ils ont été désignés comme observateurs au 22ème congrès sioniste mondial, le forum suprême de l’organisation sioniste mondiale. C’est le premier congrès qui est organisé au sortir de la seconde guerre mondiale. Au centre des débats, l’opposition entre d’une part Ben Gourion qui prône une orientation vers les États Unis et une politique active contre les autorités britanniques en Palestine, et d’autre part ‘Haïm Weizman, le vieux leader du mouvement sioniste depuis 30 ans, qui tient à l’orientation pro-britannique.
En tant qu’observateur, Dayan ne participe pas aux débats en séance plénière, mais il prononce un discours combatif au cours d’un débat au sein de son groupe politique. Il y exprime une position résolue contre les anglais, c’est à dire une opposition par la force à l’expulsion des immigrants clandestins de la Palestine, contre l’armée britannique qui mène des fouilles dans les villages juifs à la recherche d’armements illégaux, et pour les manifestations de rue afin de briser le couvre-feu que les anglais imposent régulièrement dans les villes.
Il déclare : » Cette terre est la nôtre. Si quelqu’un la frappe, nous serons forcés de le frapper. Et si cela signifie que nous devrons faire sauter des ponts, nous le ferons, et de même pour les immeubles. C’est une guerre et il convient de s’assurer que tous comprennent, comme je le comprends moi-même, que cette terre est la nôtre et nous n’en avons pas d’autre. » Plusieurs anciens du parti sont ébranlés et même Ben Gourion est impressionné. Il invite Dayan pour une « discussion entre trois yeux » dont le contenu ne sera pas divulgué.