En tant que commandant de la région sud, Dayan concentre une grande part de son attention aux affaires civiles. Ces années sont une période record d’intégration de l’Alyah de masse dans l’histoire d’Israël. Un petit nombre d’immigrants sont accueillis dans les villes arabes qui demeuraient vides de presque tous leurs habitants après la guerre, et les nombreux autres immigrants sont dispersés dans les localités à travers tout le pays. Dans les territoires sous le commandement de Dayan, il n’existe que peu de municipalités. En plus de Majdal, il n’y a que Beer Shéva, le centre du pouvoir ottoman puis des anglais dans le Neguev, un centre commercial pauvre et pitoyable pour les tribus bédouines. La majorité des nouvelles localités du sud se consacrent à l’agriculture. Quand Dayan arrive à son poste de commandant de la région, il n’y a là qu’une douzaine de petits kibboutz créés par l’Agence juive au temps du mandat britannique. La région demeure pour l’essentiel vide et déserte. Dayan comprend que la défense de cet espace n’est pas que l’affaire des militaires. Recouvrir la région de nombreuses localités prospères permettrait avec le temps de lui apporter le niveau de sécurité souhaité. Il accorde à cette ambition un haut degré de priorité.

Environ 6.000 familles se sont installées dans la région sud, réparties en quinze campements provisoires. Ce sont des forets de tentes à la merci des caprices de la nature. la chaleur exténuante de l’été et le violentes tempêtes en hiver. L’armée entreprend de venir en aide au immigrants dans tous les domaines de la vie. Le génie aménage des routes et des rues, et draine les eaux de pluie qui inondent le sol des tentes. De nombreux soldats sont chargés de l’enseignement dans les campements. Les transmissions mettent à disposition des téléphones et des installations de communication. Quand les routes sont coupées, l’armée approvisionne les immigrants en produits élémentaires de base. Des médecins et des infirmières militaires soignent les nombreux malades qui souffrent d’épidémies qui se propagent dans les campements. Dans plusieurs d’entre eux, ce sont les officiers de l’armée qui sont obligés de prendre en main la direction complète des lieux.

Dayan encourage aussi la création de kibboutz près de la frontière sachant que des ceintures de localités renforceront immédiatement la frontière Le mouvement des kibboutz a fondé des points de peuplement le long de la bande de Gaza, sur les flancs des collines d’Hébron et dans l’Arava. L’un d’entre eux s’appelle Na’hal oz, fondé à quelques centaines de mètres de la frontière sur la route reliant Gaza à Béer Shéva. Dayan les visitera à de nombreuses reprises.

Cependant le nombre d’immigrants acceptant de vivre dans des kibboutz est très faible. La majorité n’est pas favorable à la vie collectiviste. Dayan comprend qu’une organisation de type coopérative que défend le mouvement des moshavim et au sein de laquelle il a grandi, conviendrait mieux. Il commence à faire pression sur les institutions en charge du peuplement afin qu’elles créent des localités pour immigrants aussi nombreuses que possible dans toute la région sous son commandement. C’est ainsi qu’en 1950 est créé, face à la bande de Gaza, le moshav Mivta’him, par des immigrants du Kurdistan arrivés en Israel quelques moins plus tôt. Si Mivta’him est de nos jours un moshav prospère qui exporte ses fleurs et ses légumes vers les marchés européens, il eut à souffrir à ses débuts d’attaques d’infiltrés, d’explosions de mines posées sur les routes poussiéreuses. Ses habitants souffrent également du manque d’expérience et de connaissances dans les domaines de l’agriculture. Ils ont besoin d’un support conséquent de la part du commandant de la région, enfant du premier moshav d’Israël. Dayan est convaincu que le pays deviendra la propriété de l’État juif qu’à la condition que toutes les terres jusqu’aux frontières soient labourées, ensemencées et qu’elles produisent des fruits, des céréales et des tomates.