Même placé au sommet de la hiérarchie militaire, Dayan n’en continue pas moins de prendre des initiatives symboliques comme du temps où il était chef des opérations. Il s’agit pour lui de signifier que les temps changent et d’assoir son autorité. Il met fin à la fonction  d’aide de camp personnel, rôle purement cérémonial. Puis il transforme le spacieux et magnifique bureau de ses prédécesseurs en salle de réunion de l’État-major et il se réserve le petit bureau de l’aide de camp où il fait apporter sa table de campagne.

Dayan propose de ne plus permettre aux officiers supérieurs d’être transportés en berline et exige d’eux qu’ils se contentent de leur jeep pour leur usage personnel. Il s’en explique ainsi : « Les épouses d’officiers auront du mal à grimper dans les jeeps et cesseront de profiter de leur voiture militaire pour faire leur courses. » Sa proposition soulève de vives et prévisibles oppositions de la part des officiers mais aussi des services d’intendance qui lui expliquent que ce changement va entrainer d’importantes dépenses. Dayan retire sa proposition mais il prend l’initiative d’une décision nettement plus importante pour la carrière des officiers d’active. Il décide que chaque officier devra avoir deux carrières. Leur carrière militaire prendra fin dès l’âge de 40 ans, puis ils entameront une seconde carrière des le civil dans le secteur de leur choix. Ainsi on s’assurera que le corps des officiers restera jeune et frais. En quelques mois plusieurs des principaux généraux de la guerre d’indépendance démissionnent, ayant dépassé ce nouvel âge de la retraite. Leurs places sont occupées par des officiers ayant servi pendant la guerre d’indépendance comme commandant de bataillon et possédant une grande expérience du terrain. L’un des meilleurs d’entre eux Its’hak Rabin, devient le chef du département de l’instruction et est promu général. La décision de rajeunir le corps des officiers qui doit permettre de conserver une armée jeune, va avoir une autre conséquence que Dayan n’a probablement pas imaginée : l’implication durable d’officiers compétents et expérimentés aux affaires de l’État et à l’économie israélienne. Certains chercheurs estiment que cette décision de Dayan aurait contribué à la militarisation de la société israélienne.

Dayan prend conscience qu’à partir de maintenant il devient un acteur central de la construction de historique de l’État d’Israël. Comme depuis son enfance il est habitué à noter dans son journal intime ou dans ses lettres les évènements, il décide de tenir un journal dans lequel il retranscrira tous les évènements auxquels il participera en tant que Chef d’État-major ou dans le cadre de ses responsabilités futures. Au début il demande à son assistante Néoura de lui libérer une heure en fin de chaque journée de travail pour qu’il puisse lui même rédiger son journal, mais rapidement il n’a plus la patience de tenir son journal qu’il confie à son chef de bureau Shlomo Gazit et à Néoura. De temps en temps Dayan leur donne la liste des choses qui se sont produites en leur absence. La plupart du temps, l’un des deux étant présent lors des rencontres au bureau ou l’accompagne dans ses déplacements à l’extérieur, de telle manière qu’il peut rédiger directement le compte-rendu des évènements. Plus tard le journal du bureau du Chef d’État-majoe deviendra l’une des plus importantes source pour les recherches sur la politique de défense et sur l’histoire militaire des années 50. Il servira de base pour deux livres écrits par Dayan. Néoura continuera à tenir le journal de Dayan au cours de ses fonctions futures.